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出典: WABI
Web API for Biology（WABI） をはじめ、さまざまなサイトで公開されているバイオ分野の Web API の使い方を紹介します。 English page is here.
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目次 |
IDをもとにエントリ取得
- DDBJアクセッション番号でフラットファイル取得
- DDBJアクセッション番号でDNA配列を取得する
- EC番号を指定してPDBを検索する
- HITのアノテーション情報をXMLで取得する
- 遺伝子名を指定して大腸菌のアミノ酸配列を取得する
- パスウェイIDでパスウェイを取得する
- アクセッション番号を指定してDDBJエントリの生物種名を取得する
- DDBJアクセッション番号で遺伝子領域のDNA配列を取得する
- DDBJアクセッション番号でアミノ酸配列を取得する
- DADアクセッション番号でアミノ酸配列を取得する
- DADアクセッション番号でフラットファイルを取得する
- プロテインIDでDADエントリを取得する
- プロテインIDでDADのアミノ酸配列を取得する
- UNIPROTアクセッション番号でアミノ酸配列を取得する
- UNIPROTアクセッション番号でフラットファイルを取得する
- PDBアクセッション番号でアミノ酸配列を取得する
- PDBアクセッション番号でフラットファイルを取得する
- PRFアクセッション番号でアミノ酸配列を取得
- PRFアクセッション番号でフラットファイルを取得する
- プロテインID からエントリをフラットファイル形式で取得し、アミノ酸配列やOMIM IDを抽出する
- GetEntryのgetDDBJVerEntryでエントリを取得できない
- 遺伝子名を指定して取得したDDBJエントリを一括してBLASTを実行する
- ヘルペスウィルスゲノムの 50残基以上の長さのORFのアミノ酸を取得する
- DDBJ データベースからウィルスのゲノムエントリを取得する
- GO IDからツリー情報を取得する
- JPOまたはKIPO由来の特許アミノ酸配列のエントリを取得する
- EPO由来の特許アミノ酸配列のエントリを取得する
- USPTO由来の特許アミノ酸配列のエントリを取得する
キーワードをもとに探索
- ヒトの遺伝子名でDDBJを検索する
- フリーキーワードでDDBJを検索
- 遺伝子名を指定してDDBJエントリを取得する
- 生物種名を指定してDDBJエントリを取得する
- キーワードでPDBを検索する
- フリーキーワードでKEGG enzymeを検索
- 遺伝子名でパスウェイを検索する
- 生物種の詳細情報を取得する
- フリーキーワードでDADを検索
- フリーキーワードでUNIPROT/Swiss-Protを検索
- フリーキーワードでUNIPROT/TrEMBLを検索
- フリーキーワードでPRFを検索
- Accession No.から該当するHIT IDを取得する
- 任意のキーワードでOMIM データベースを検索する
- SNP IDから多型情報とその頻度情報を抽出する
- Reference SNP IDを用いてPubMedを検索する
- 配列長を指定してDDBJを検索する
- GO ID からクロスリファレンスの情報を取得する
- ARSA でフレーズ検索を行う
- ARSA で複数のキーワードを指定して AND OR 検索を行う
- 機能・遺伝子名でGOデータベースからオントロジーを検索する
- 系統名を指定してDDBJを検索する
- アルコール分解酵素の遺伝子名でdbSNPを検索する
- プロテインID からアミノ酸置換のReference SNP IDを取得する
- OMIM IDを指定してOMIMレコードを取得する
- NM や NC 等で始まるIDから配列情報を取得する
配列類似性をもとに探索
- BLASTでホモログを検索する
- BLASTでホモログを検索する（タブ区切り出力）
- DNA配列でDDBJに対してBLASTを実行する
- アミノ酸配列でUNIPROT/Swiss-Protに対してBLASTを実行する
- BLASTで DDBJ ウェブページと同じように参照データベースを指定する
- BLASTの結果をXMLフォーマットで取得する
- BLASTで指定できるデータベース一覧を取得する
- 手元のDNA配列をクエリにしてBLASTを実行する
- アクセッション番号を指定してBLASTを実行する
- BLASTでDDBJ全件を参照データベースとして指定する
- BLASTの実行時間を短縮する
- BLASTの実行結果を特定の生物種のみに限定する
- 遺伝子名を指定して取得したDDBJエントリを一括してBLASTを実行する
- 大きいデータベースに対してtblastn を実行する
- BLASTでデフォルトのnrデータベースを指定できない
- BLASTを非同期通信で実行して結果を取得する
- BLASTで -m 8 を指定した際に取得できるタブ区切りフォーマットの各カラムの意味を調べる
- 複数配列を用いてVecScreenを実行する
複数配列をもとに分類
- ClustalWで複数の配列をアライメントする
- Mafftで複数の配列をアライメントする
- ClustalWで整列された配列から系統樹を作成する
- JPEG形式でphylip形式のデータから系統樹を作成する
プロキシサーバを介して利用する
- LWPを利用してプロキシサーバを介してRESTサービスを利用する
- Perlのソケットを利用してプロキシサーバを介してRESTサービスを利用する
- URLConnectionを利用してプロキシサーバを介してRESTサービスを利用する
- Javaのソケットを利用してプロキシサーバを介してRESTサービスを利用する
- Cのソケットを利用してプロキシサーバを介してRESTサービスを利用する
- Rubyのソケットを利用してプロキシサーバを介してRESTサービスを利用する
- Pythonのソケットを利用してプロキシサーバを介してRESTサービスを利用する
- SOAP::Liteを利用してプロキシサーバを介してSOAPサービスを利用する
- AXISを利用してプロキシサーバを介してSOAPサービスを利用する
英数字以外が含まれるクエリーを扱う
- Perl でクエリー文字列をエンコードする
- Java でクエリー文字列をエンコードする
- C でクエリー文字列をエンコードする
- C Sharpでクエリー文字列をエンコードする
- Ruby でクエリー文字列をエンコードする
- Python でクエリー文字列をエンコードする
その他
- ClustalWを実行する
- Ensemblサービスのバージョンを取得する
- 非同期メソッドで実行した結果を取得する
- java.lang.NoClassDefFoundError を解決する
- DDBJと同じようなSOAPサーバを構築する
- サービスの結果を取得できない
- SOAPの通信方法について
- タイムアウトが発生しないようにする
- SOAP::Lite 0.69 で使用できない
- Ruby で SOAP を利用する
- RESTでアクセスする際にエラーが発生する
- TavernaでDDBJのサービスを利用する
- DDBJのAPIをシステムに組み込んで使う
